Szeparatista vezető*	Szervezet	Befolyásuk a szervezeten belül
Nute Gunray	Kereskedelmi Szövetség	nagy
Rune Haako	Kereskedelmi Szövetség	-, helyettes
Dooku gróf	nincs	nagy
Kisebb Poggle	Geonosis nagyhercege	közepes
Sun Fac	Geonosis	-, helyettes
Passel Argente	Társasági Szövetség	közepes
Denaria Kee	Társasági Szövetség	-, helyettes
Tikkes	szenátor	közepes
Tonbuck Toora	szenátor	alacsony
Shu Mai	Kereskedelmi Céh	nagy
Qi Zhu	Kereskedelmi Céh	-, helyettes
Wat Tambor	Techno Unió	nagy
San Hill	Intergalaktikus Bank Klán	közepes
Po Nudo	Hiperkommunikációs Kartell	nagy
Rogwa Wodrata	szenátor	alacsony

*=(a táblázatba csak azok a szeparatisták kerültek, akik jelen voltak a geonosisi konferencián. A háború végére több száz szenátor, valamint kisebb szervezet vezetője vallotta magát szakadárnak)

Angol neve: Confederacy of Independent Systems

Ez a hivatalos neve, ám mégis csak szeparatistáknak vagy szakadároknak emlegették. A Független Rendszerek Szövetsége (továbbiakban FRSZ) a Geonosis bolygón alakult meg, a planéta nagyhercege, Kisebb Poggle fogadta a legfőbb pénzügyi és kereskdelmi szerveztek képviselőit és elnökeit, valamint Dooku grófot is. Poggle-t a gróf emelte trónra, így meg kellett neki ennyit tennie a törlesztés érdekében. A FRSZ megalakulását először csak vontatott beleegyezés fogatta, a geonosisi konferencián csak a Társasági Szövetség írt alá szerződést, a többi nagy szervezet még félt ettől.

Mégis a háború kitörése megkivánta a csatlakozást. Több fontos rendszer is átpártolt a Köztársaság ellenségéhez, így az erőviszonyok fifty-fifty alapon osztoztak meg. A szervezetnek oriási pénzmennyisége volt, és remek technikai fejlesztésekbe kezdtek, így a droidok szinte már emberi aggyal rendelkeztek, arról nem is beszélve, hogy Grievous tábornok teste hatalmas pénzösszegeket emésztett fel.  

A háború alatt a legszegényebb rendszerektől a leggazdagabb rendszerekig át nagyon sok szenátor, uralkodó és egyéb kisebb kereskedelmi és pénzügyi szervezetek vezetői pártoltak a Független Rendszerek Konföderációjájához, részben hiszékenységük, részben korruptságuk miatt. A FRSZ új rendszert, új lehetőséget és rohamosan hamari óriási meggazdagodást igért. Ennek többen bedőltek és később az életükkel fizettek egy köztársasági bevetés következtében. A két óriásvállalat a Kereskedelmi Szövetség és a Techno Unió lett, ám szorosan zárkózott fel mögöttük a Kereskedelmi Céh, ám némileg lemaradt a Társasági Szövetség és az Intergalaktikus Bank Klán. Utóbbi több remek kisérletezést végrehajtott, a muunoknak köszönhetjük Grievous és Durge megszületését.

Bár a szeparatisták nyíltan háborúztak, mégis Coruscanton is több merényletet végrehajtottak diplomaták, szenátorok ellen, további feszültséget okozva. A Konföderációra a gyarmatosítás volt jellemző, megannyi bolygó esett áldozatául a FRSZ-nek és több planéta ezután kihalt lett. Grievous egymaga többszáz milliárd lény halálának okozója.

A Klón Háború idején a két fél legfőbb stratégiája az volt, hogy a Peremvidéken lévő bolygókat minnél előbb elfoglalják, ugyanis kellett az energia és a nyersanyag is, így a Köztársaság és a FRSZ is hódító politikába kezdtek. A szervezet igazi irányítója azonban Darth Sidious, Sith Nagyúr volt, akiről ugye mindenki tudja, hogy maga Palpatine, a Köztársaság főkancellárja. A szervezetnek volt több szenátorral is kapcsolata, így figyelhette a Köztársaság lépéseit is. A háború végére a FRSZ jelentősen meggyengült, a végső döfést Dooku és Grievous halála hozta meg. A vezetők mégis úgy tudták, hogy ők győztek, ám Sidious-Palpatine a Köztársaságnak a szeparatisták döntő vereségéről beszélt. Így mindkét fél a győzelmet tudta maga mögött, és a Sith ármánykodásainak köszönhetően a Köztársaság is, és a szakadárok is eltűntek a Galaxis színéről. Sidious tanítványa, Vader lemészárolta a szeparatista vezetőket, mivel ők tudtak egyedül a Császár tervéről, így eltünt a bizonyíték is. A háború minkét fél bukásához vezetett. A Független Rendszerek Konföderációja felbomlott a vezetők halálával, és a főbb állomás-bolygók kifosztásával.